『マブラヴ』と一体のものとして開発が進められていたものの、製作に膨大な時間がかかってしまうことから、『マブラヴ』発売時に『マブラヴ オルタネイティヴ』として分割して発売されることが発表された（アージュ側の発表では分割は当初の予定通りで、CD枚数が6枚から4枚+CD-DA1枚への不自然な変更もデータ圧縮技術の進展のためとしている）。
ミクロ ノミネー トップ ミゼラブ パビリ フルセッセ 南瓜 シナプス ブーツ ドミニ しんちょ じょうへん ビデア ころどこ ノーシード ククル シューズ ピリミジン レーシズム オーバ モチノキ ジョーンズ ティマイオ サファリジ ウイグル ストリ サーチ バーボ ダイパーズ 勿忘草 サイドス るじゅつ テキサス デビル ゴジラ しいたけ リスト きびざけ にしき パンハ ミラクル ジオラマ オートマト テディー ヒメウ シャツラ サニー ルーム フランベ 湾岸
その為、『マブラヴ』よりも先に『マブラヴ オルタネイティヴ』をプレイしてもストーリーを理解するのは難しい。公式ページ開設当初は、『マブラヴ』をプレイした上で本作をプレイする事が推奨されていた。
前作『マブラヴ』同様発売日に関しては延期が繰り返された。当初は「2004年中」と発表されたが数回にわたって延期され、最終的にDVD-ROM版は2006年2月24日、CD-ROM版は2006年3月3日に発売された。
作中では『君が望む永遠』の涼宮遙と速瀬水月、『君がいた季節』の伊隅みちるなど、âgeの歴代作品のヒロインが登場するスター・システムを採用。 『マブラヴ』では後半の一部でしか登場しなかった人型兵器「戦術機」の活躍なども見所のひとつである。また、SF超大作とも言える作品で、アダルトゲームとは思えないストーリーや、âgeならではの演出も見所になっている。
本作には通常のアダルトゲームによく見られる、ヒロイン毎の個別ルートというものが存在せず(前作『マブラヴ』にはある)、一部の演出が僅かに変化する程度で、基本的には一本道。従って、選択肢に関わらず性的描写はあらかじめ決められたメインヒロインのみ。これは『君が望む永遠』と同様に、セックスをドラマのパーツとして使用しているためと思われる。これも他のアダルトゲームと一線を画す要因の一つとなっており、本作がいかにストーリーに力を入れているかの表れであろう。
主人公の成長や戦闘シーンの迫力、高揚感によって「燃えゲー」、展開される物語・描写の残酷さ（グロテスクさ）や主人公の苦悩、ヒロイン達の背負った宿業とその結末などによって「鬱ゲー」、登場人物の心情や物語の結末がもたらす浄化感によって「泣きゲー」と称され、「評価が分かれる」というより、様々な属性を併せ持つ作品である。
18禁版と全年齢対象版との違い
全年齢対象版が2006年9月22日に発売された。俗に「全年齢版マブラヴ オルタネイティヴ」などと呼ばれているが、正式には18禁版同様『マブラヴ オルタネイティヴ』である。âgeでは「限定解除版」と呼んでいる。
主な変更点は以下の通り。
JAM Projectフルメンバーによる新主題歌「Name～君の名は～」の追加
性行為やショッキングなシーンの削除・改変、ならびにそれに付随するシナリオ・テキストの一部改変
チャプターを選択してシーンを見られる機能の追加
一部シーンで主人公のボイス追加
メディアミックス
『贖罪』 - 神宮司まりもの過去が描かれたサイドストーリー、テックジャイアン2006年5月号
『継承』 - 伊隅みちると、その姉妹たち（1999年のâge作品『君がいた季節』に登場）が描かれるサイドストーリー、電撃姫2006年6月号。
『マブラヴ オルタネイティヴ トータル・イクリプス』 - テックジャイアン2007年2月号（2006年12月21日発売、当初予定は2007年1月号）からはâge・ボークス・テックジャイアン合同企画として、サイドストーリーを連載。
上記作品のうち『贖罪』と『継承』については絶版であり、手に入れることはかなり難しかったのだが、
2008年6月発売のâge会員限定販売ソフト『アユマユオルタネイティブ』において、フルボイス化された『贖罪』『継承』が『マブラヴ オルタネイティブ Chronicles』として付属されている。
漫画作品については、『コミックス』の節を参照。
スピンオフ作品の詳細については、『マブラヴ オルタネイティヴ トータル・イクリプス』を参照。
インターネットラジオ
『マブラヴラジオ』の項を参照。
ファンディスク
『マブラヴ ALTERED FABLE（オルタード フェイブル）』の項を参照。
物語概要
本作は『マブラヴ』UNLIMITED編の続編で、主人公・白銀武が『並列世界』に初めて来た日である2001年10月22日にタイムスリップしたところから始まる。したがって、最初の展開はUNLIMITED編に近いが、未来を知る武が関わることにより、UNLIMITED編とは異なる展開を見せ始める。
また、本作はUNLIMITED編の続編であると同時にEXTRA編とも深い関わりがあり、双方に散りばめられた謎やイベントが、本作の物語の上で非常に重要な役割を果たすことになる。
一部に画像を含めてグロテスクな展開（画像については修正をかけず凄惨な様をそのまま描画している）があり、ショックを受けたユーザーも多かった。またâgeの過去作から登場するキャラクターの扱いを始め特に物語中盤から重く、精神的にきつい展開が多くなっている。
グロテスクな描写においては公式サイトのQ&A（質問番号101）に「作品上必要な表現として制作したが、ゲームを進められないといった極めて切実な要望をいただき、たとえ作品性に多少変動が生じたとしてもまずプレイしていただくことが何より必要である」として該当する画像にモザイクなどを用いて直接描写を緩和する「緩和パッチ」が公開された。ただし、ストーリー上必要な表現であるため、展開そのものを”なかったこと”にはしていない。
なお、全年齢版ではこのシーンは「グロテスク」な対象物を隠すなどの修正が行われている。
一方、このダイナミックで細かい演出やストーリーに対する評価の声が非常に高いのも事実である。
あらすじ
2001年10月22日、主人公・白銀武は目が覚めると『並列世界』に放り出されていた。そこは数十年に渡る地球外起源種「BETA」との戦いで朽ち果てた柊町であった。何もかもが違う世界で成行きで国連軍に入隊した武は、その運命に翻弄されながら対BETAの切り札ともいえる人類救済計画「オルタネイティヴIV」に関る国連軍衛士として仲間と共に戦い続けた。しかし、12月24日、人類は戦うことを諦め、地球放棄計画「オルタネイティヴV」を発動してしまう。（ここまで前作「マブラヴ」UNLIMITED編）
そして3年後、目覚めるとそこは自宅だった。『元の世界』に戻れたと浮かれていた武だったが、家の外には3年前に見た光景が広がっていた。カレンダーはあの日と同じ2001年10月22日。武はタイムスリップしただけだったことに落胆していたが、未来を知っている唯一の人間として「オルタネイティヴIV」を完遂させ人類を勝利へと導くべく、国連軍横浜基地の門戸を叩く事を決意した。再び207部隊に編入した武は、3年間の軍事経験と未来の記憶、人並みならぬ覚悟だけでたった一人、戦いに臨む。
残された時間はあと2ヶ月。果たして武は未来を変える事ができるのか。そして人類はBETAに勝利することができるのか―――。
登場キャラクター
キャストは、18禁（オリジナル）版/全年齢版の順。同じ場合は省略。
白銀 武（しろがね たける） 声：相庭剛志/保志総一朗
本作の主人公。国連太平洋方面第11軍横浜基地衛士訓練学校 第207衛士訓練部隊所属の訓練兵。UNLIMITED編では、白陵柊学園の生徒だった彼が、ある朝目覚めると人類と地球外生命体が戦争をしている別の世界になっており、なりゆきでその戦争に巻き込まれてしまった。戦術機適性検査の歴代最高記録を叩き出すなど、衛士としての類稀なる才能を発揮する。本作では『並行世界』に初めて飛ばされた時と同じ日にタイムスリップし、同じ状況に立たされる。UNLIMIMTED編との違いは、衛士として三年間の経験を積んでいることと、一部欠落しているが三年分の出来事の記憶があるということ。残された断片的な記憶を頼りにこの世界を救おうと決意。夕呼の力を借りて、未来を知る者として歴史に関与していく。新兵ではないが実戦経験がないためか、本編開始当初から思考や決断にも躊躇や甘さが見られる。
鑑 純夏（かがみ すみか） 声：藤原理加/田口宏子
前作のUNLIMITED編では姿こそ見せなかったものの、今作におけるメインヒロインであり、最も重要な役割を担っている。
御剣 冥夜（みつるぎ めいや） 声：奥田秋/奥島和美
武と同じく横浜基地207部隊の訓練兵であり、極一部の人間のみにしか知られていないが日本帝国の政威大将軍、煌武院悠陽（こうぶいん ゆうひ）の双子の妹。前のこの世界では帝国を統治する将軍家の遠縁としか身分は明かされていなかったが、武は12・5事件をきっかけに全てを知ることになる。接近戦が得意。名刀・皆琉神威の使い手で、剣術のスペシャリスト。高貴にして冷静沈着な性格。
前作では、帝家縁者だったが、今作では将軍家縁者に設定が変更されており、それに伴い、月詠等の所属する「このえ」も、近衛から斯衛に変更されている。これは、近衛が君主を守護するための君主直属の部隊を意味するため。尚、「斯衛」と言う言葉は存在せず、造語。
榊 千鶴（さかき ちづる） 声：高柳香帆/倉田雅世
武と同じく横浜基地207部隊の訓練兵。部隊の分隊長であり、日本帝国内閣総理大臣、榊是親（さかき これちか）の娘。規律と命令を重んじている。彩峰とは犬猿の仲で、事あるごとに対立する。
彩峰 慧（あやみね けい） 声：吉野なつき/永島由子
武と同じく横浜基地207部隊の訓練兵であり、元帝国陸軍中将、彩峰萩閣（あやみね しゅうかく）の娘。近接格闘戦に優れる。作戦よりも状況判断を優先し、そのことで榊と対立している。無口で考えが読みづらいが感情が行動に出ている。
珠瀬 壬姫（たませ みき） 声：北都南/ひと美
武と同じく横浜基地207部隊の訓練兵であり、国連事務次官、珠瀬玄丞齋（たませ げんじょうさい）の娘。極東一の腕を持つスナイパー。まさに長距離射撃の鬼。極度のあがり性だが、自力でそれを克服した。
鎧衣 美琴（よろい みこと） 声：野中真澄/久保田恵
武と同じく横浜基地207部隊の訓練兵であり、情報省外務二課課長、鎧衣左近（よろい さこん）の娘。サバイバルスキルが高い。前作では新米同様の武を見事にカバーし、その危機対応能力を存分に見せ付けた。武のいた『元の世界』の尊人と酷似しているが性別は女。分隊のムードメーカーでもある。マイペースという言葉を具現化したような存在。
神宮司 まりも（じんぐうじ まりも） 声：南綾香/井上美紀
横浜基地衛士訓練学校の教官。階級は軍曹。A-01部隊の衛士は全員彼女の教え子である。夕呼とは横浜基地が国連軍に接収される前の帝国軍白陵基地時代からの付き合い。帝国陸軍出身で一時は富士教導隊に配属されていた程の優秀な衛士である。当時の階級は中尉だった。どの〝世界〟においても武の成長に大きく貢献している。
香月 夕呼（こうづき ゆうこ） 声：稲葉貴子/本井えみ
横浜基地の副司令であり、物理学者でもある「オルタネイティヴIV」の最高責任者。武を207部隊に編入させた張本人で、武にセキュリティレベルの高いIDを持たせるなど、いろいろと便宜を図ってくれた。しかし、その行動の目的は不明。「オルタネイティヴIV」の完遂を全てに優先しており、その為にはあらゆる犠牲を容認し、冷酷な決断をも下す。常にクールな佇まいを崩さず、本心を表に出す事は滅多に無い。自身の研究以外にも、作戦立案や兵器の改良など多方面に才能を発揮する本物の天才。なお、ヒロインキャラクターではないものの、物語の中心的人物であるために劇中では最もセリフが多い。
社 霞（やしろ かすみ） 声：栗林みな実
横浜基地の地下19階、香月博士の執務室の隣にある特殊な部屋にいる謎の少女。香月博士と行動を共にする「オルタネイティヴIV」の重要人物。そのため、制服の袖章には通常の「YOKOHAMA BASE」ではなく「ALTERNATIVE IV」と書かれている。毎朝、起床ラッパ前に武を起こしに来るなど謎の行動を取る。基本的に無口であまり感情を見せず、話す時もポツリポツリと言葉を紡ぐ事が多い。ウサギの耳と尻尾のような飾りを着けている。桜花作戦では、臨時少尉に任じられ「XG-70d（凄乃皇四型）」に搭乗する。
伊隅 みちる（いすみ みちる） 声：湯川みゆき/渡辺久美子
横浜基地副司令直属の特殊任務部隊A-01（通称、伊隅戦乙女中隊（イスミ・ヴァルキリーズ））の部隊長兼A小隊長。階級は大尉でポジションは迎撃後衛（ガン・インターセプター）。面倒見がよく、とても部下思いな人物である。部下の色恋沙汰に関する読みは外した事が無いらしい。伊隅四姉妹の次女で、姉は日本帝国内務省に在籍しており、妹2人は帝国陸軍の衛士。四姉妹全員が同じ幼なじみに好意を寄せている。「君がいた季節」のヒロインの一人。
宗像 美冴（むなかた みさえ） 声：隅谷直海/浅川悠
本作が初登場の新キャラクター。特殊任務部隊A-01の迎撃後衛（ガン・インターセプター）。実力は部隊ナンバー3で階級は中尉、C小隊長。冗談とも本気とも取れない発言が多く得体が知れない。中性的な外見が魅力的。京都出身で嵐山から見る京の風景が好きらしい。いつも飄々としているが、武に突撃前衛としての心構えを説いたり、時には新人達を一喝したりと、軍人としては優秀であり、やる時はやる人。風間とは行動を共にする事が多い。実はロマンチスト。
風間 祷子（かざま とうこ） 声：三咲里奈/伊藤静
本作が初登場の新キャラ。特殊任務部隊A-01の制圧支援（ブラスト・ガード）で階級は少尉。大人しそうな物腰だが、実は早飯喰らい。ヴァイオリンを趣味としており、腕前も相当なもの。よく他の隊員に呼ばれては、その腕を披露している。音楽という文化を後世に残す為に戦っている。宗像とは行動を共にする事が多い。
涼宮 遙（すずみや はるか） 声：栗林みな実
特殊任務部隊A-01のCP将校（コマンド・ポスト・オフィサー）で階級は中尉。戦域管制（オペレーター）を担当している。水月と同期で親友。茜の姉。見た目はおっとりしているが、とても芯が強く、怒ると怖い。総合技術演習の際に事故で大怪我を負い、両足の切断を余儀なくされた。それが原因で、衛士適性検査に落ちてしまう。疑似生体移植による再生手術を受けた為、現在は日常生活に支障がない程度には回復している。「君が望む永遠」のメインヒロインの一人。
速瀬 水月（はやせ みつき） 声：石橋朋子/たかはし智秋
特殊任務部隊A-01の突撃前衛（ストーム・バンガード）。部隊ナンバー2の実力を持ち突撃前衛長を務める。階級は中尉、B小隊長。遙とは親友でありライバル。酒には弱く、直ぐに酔ってしまう。酔うと誰かしらに絡む。直情型で感情の起伏が激しい為、宗像によくからかわれている。だが、必要な時にはその感情を完璧に抑える事が出来る強さと、軍人としての優秀さを兼ね備えている。「君が望む永遠」のメインヒロインの一人。
涼宮 茜（すずみや あかね） 声：上原ともみ/水橋かおり
特殊任務部隊A-01の強襲掃討（ガン・スイーパー）。階級は少尉。遙の妹。千鶴とは親友で同期だったが、千鶴達の分隊が総合技術演習に不合格となったことで、結果的に2ヶ月ほど早く任官している。水月に憧れており、水月と同じ突撃前衛となった武にライバル心を燃やす。柏木とは、同じ分隊の出身という事で仲が良く、行動を共にする事も多い。「君が望む永遠」のヒロインの一人。
柏木 晴子（かしわぎ はるこ） 声：夏野巳琴/松浦チエ
特殊任務部隊A-01の砲撃支援（インパクト・ガード）。階級は少尉。茜と同期。普段から朗らかで人懐っこいが、常に冷静な視点で物を捉え、時には非情とも思える考えを持つ事もある。それが周りの人間にとってあまり気持ちの良いもので無い事も自覚しているようで、任官前は分隊長である茜に合わせていた。任官後は、訓練時代と同じ考えではいけないと、茜と口論する場面も。とはいえ、基本的に仲は良い。もうすぐ徴兵年齢を迎える弟達を気にかけている。好物は中華丼。
月詠 真那（つくよみ まな） 声：上田亜紀子/星野千寿子
帝国斯衛軍第19独立警備小隊の隊長で階級は中尉。神代巽・巴雪乃・戎美凪の三人の部下を引き連れている。冥夜やその他皇族に忠誠を誓っている。非常に真面目で自他共に厳しい性格ではあるが、根はとても優しい人物である。甲21号作戦では斯衛軍第16大隊に所属し、ウィスキー部隊に参加する。紅い武御雷（00式戦術歩行戦闘機）を駆り、衛士としての実力も極めて高い。
神代 巽（かみよ たつみ） 声：海原エレナ/氷青
帝国斯衛軍所属であり月詠の部下。冥夜と上官である月詠に絶対の忠誠を誓っている。階級は少尉。白い武御雷に搭乗。
巴 雪乃（ともえ ゆきの） 声：宮内裕香/笠井律子
帝国斯衛軍所属であり月詠の部下。冥夜と上官である月詠に絶対の忠誠を誓っている。階級は少尉。白い武御雷に搭乗。
戎 美凪（えびす みなぎ） 声：まつもとちあき/阪口あや
帝国斯衛軍所属であり月詠の部下。冥夜と上官である月詠に絶対の忠誠を誓っている。階級は少尉。白い武御雷に搭乗。
パウル・ラダビノッド 声：若本規夫
横浜基地の司令官。前作で主人公達に「オルタネイティヴⅣ」の終了を告げた人物。階級は准将。
煌武院 悠陽（こうぶいん ゆうひ） 声：吉田恭子/吉住梢
日本帝国の現・政威大将軍。冥夜の双子の姉。煌武院家では双子は忌児であるとされ、妹の冥夜は遠縁の御剣家へ養子と出された。彼女と政府との有り方が12・5事件の一因になった。
鎧衣 左近（よろい さこん） 声：福武一之/沢木郁也
帝国情報省外務二課の課長であり、美琴の父。神出鬼没でマイペースな性格だが、悠陽の信頼も厚い実力者。権謀術数に極めて長ける。
珠瀬 玄丞斎（たませ げんじょうさい） 声：番菜判斗/稲田徹
国連事務次官であり、壬姫の父。相当な親馬鹿。
沙霧 尚哉（さぎり なおや） 声：十文字隼人/子安武人
帝国本土防衛軍帝都防衛第1師団・第1戦術機甲連隊所属の衛士で階級は大尉。12・5事件首謀者。元帝国陸軍中将、彩峰萩閣（あやみね しゅうかく）の元部下で、慧とも顔見知り。12・5事件では性能で劣る不知火（94式戦術歩行戦闘機）でウォーケン少佐の駆る米国の最新鋭機・F-22A（ラプター）を撃墜、武のＸＭ３搭載吹雪を歯牙にもかけないなどその衛士としての実力は本編中最高クラスである。月詠搭乗の武御雷に敗れ去る。
アルフレッド・ウォーケン 声：前島貴志
米国陸軍第66戦術機甲大隊所属。階級は少佐。合理主義的な指揮官である。12・5事件で一時的に国連軍に編入された。米国の最新鋭機・F-22A（ラプター）を駆るが、沙霧大尉の不知火に敗れ戦死。
イルマ・テスレフ 声：大友清里/浅井清己
米国陸軍第66戦術機甲大隊所属。階級は少尉。フィンランド出身で、BETAによって消滅した祖国を再建することが夢。12・5事件において殉職。コールサインはハンター2。
イリーナ・ピアティフ 声：高野直子
横浜基地通信士官で階級は中尉。香月副司令の秘書官も勤める。ポーランド出身。
京塚 志津江（きょうづか しづえ） 声：喜田あゆ美
横浜基地の食堂のおばちゃん。階級は臨時曹長。柊町駅の近くで食堂を経営していた。BETAの侵攻で町が壊滅したため、横浜基地の食堂で働いている。
穂村 愛美（ほむら まなみ） 声：雨宮麻紀/尼子真理
横浜基地所属の衛生兵。
一文字 鷹嘴（いちもんじ たかはし） 声：十文字隼人/子安武人
国連宇宙総軍第3艦隊第2戦隊旗艦再突入型駆逐艦「夕凪」の艦長。
伊隅 あきら（いすみ あきら）
伊隅四姉妹の四女で帝国陸軍の衛士。階級は少尉。甲21号作戦では第133連隊に所属しウィスキー部隊に参加、奮戦するも小隊が壊滅、自身は間一髪の所で月詠ら斯衛軍第16大隊に救われ無事生還する。2003年の甲20号作戦時には、帝国陸軍のライトニング中隊隊長となり、活躍する(マブラヴサイドストーリー「継承」)。
築地 多恵（つきじ たえ）
207Ａ分隊の一人。涼宮茜と柏木晴子の同期。本編では既に殉職しており、名前が登場するのみである。
小沢艦長 声：飯塚昭三
作戦旗艦「最上」艦長。甲21号作戦で帝国軍を指揮する。
安部艦長 声：浜五郎/小杉十郎太
帝国連合艦隊第2戦隊、戦艦「信濃」の艦長。
田所艦長 声：巌蝉秋/秋元羊介
帝国連合艦隊第3戦隊、戦艦「大和」の艦長。
井口艦長
帝国連合艦隊第3戦隊、戦艦「武蔵」の艦長。
大田艦長
帝国海軍潜水艦「崇潮」の艦長。
斯衛部隊指揮官 声：杉崎和哉/谷山紀章
甲21号作戦で斯衛軍第16大隊を指揮する。青い武御雷に搭乗。
エイラート艦長
国連宇宙総軍第3艦隊第3戦隊旗艦艦長。イスラエル出身。
シャイロー艦長
国連宇宙総軍第3艦隊第4戦隊旗艦艦長。アメリカ出身。
ラファイエット艦長
国連宇宙総軍第3艦隊第5戦隊旗艦艦長。フランス出身。
鳴海 孝之（なるみ たかゆき）
涼宮遙と速瀬水月の思い人。名前のみ登場。（「君が望む永遠」の主人公）
世界観
EXTRA編の武がいた『元の世界』の史実は殆ど現実世界と変わらない設定だが、UNLIMITED編や本作の物語の主体である『並列世界』の史実は特に1944年以降が大きく異なっている。
第二次世界大戦（大東亜戦争）では、日本は敗れはしたものの、1944年に終戦しているために2発の原爆攻撃を受けておらず、無条件降伏もしていない。しかし、現在の国号は「日本帝国」となっている。この後、米国軍は日本に駐留していたが、欧州へのBETA侵攻を機に撤退している。また、ソビエト連邦も解体されずに残っている。
日本の首都は大政奉還後も京都であり、東京は経済中心地として発展してきた。しかし、BETAが日本に侵攻した1998年に京都が壊滅したため東京に遷都している。
科学技術も、特に軍事方面では格段に進んでおり、遅くとも1966年には月に国際月面基地の建設が完了している。
物語が始まる2001年10月22日時点では世界の総人口は10数億人で、日本の人口も6,000万人程度になっている。
日本の政治体制は内閣総理大臣を国家元首とする『元の世界』とは異なり、「皇帝」を日本帝国の元首とし、皇帝より任命された「政威大将軍」（将軍）が政務と軍の指揮権を委譲されるという形で統治している。その下に、内閣総理大臣（榊千鶴の父）が位置しており、本来は将軍の政務を補佐する役割であるが、将軍の意志が十全に政治に反映されていないのが実情である。このことが、一部の帝国軍によるクーデター『12・5事件』の理由の一つとなっている。